Pintado sobre un panel de madera redondo, el cuadro se completó en 1506 o alrededor de ese año y es el único cuadro de panel que sobrevive producido por Miguel Ángel como artista maduro. Se cree que la Sagrada Familia con San Juan fue encargada por Agnolo Doni, un exitoso comerciante florentino, y la obra a veces se llama "El Doni Tondo". Se cree que el cuadro iba a ser un regalo para su esposa, Maddalena Strozzi, hija de una destacada familia toscana, posiblemente con motivo de su matrimonio o, quizás, el nacimiento de su primera hija. La forma redonda o tondo de la pintura junto con la naturaleza doméstica de su tema muestra que se trata de una pieza destinada a ser exhibida en una casa y hay evidencia que sugiere que esta obra permaneció en la casa de los Doni hasta al menos 1591.
La pintura permanece en su marco original y es posible que, si bien se cree que fue tallada por Marco y Francesco Del Tasso, Miguel Ángel bien pudo haber contribuido a su diseño. El diseño incluye una serie de motivos, entre ellos lunas y cabezas de leones, que, tomados de los escudos de armas de las familias Doni y Strozzi, simbolizan la unión de las dos familias que representó su matrimonio. Agnolo Doni y su esposa fueron cultos coleccionistas de arte y encargaron obras a los principales artistas de su época, incluidos retratos, de cada uno de ellos, de Rafael. También se sabe que poseían obras de Donatello y Fra Bartolommeo. Miguel Ángel había regresado a Florencia, desde Roma, debido a retrasos en el proyecto de construcción de la tumba del Papa Julio II por falta de fondos. Es probable que haya terminado esta pieza antes de regresar a Roma y comenzar a trabajar en la Capilla Sixtina en 1508.
La pintura muestra a la Virgen María, sentada en el suelo, volviéndose para recibir al niño Jesús de manos de José, que se agacha detrás de ella. Miguel Ángel retrata a la perfección el cuidado cariñoso que están teniendo los dos padres, en este pequeño acto de pasar al niño entre ellos, tanto en el manejo cuidadoso mostrado en su pose compleja como en el amor y concentración que se muestra en sus rostros. Detrás de ellos se muestra a un joven San Juan Bautista en un estanque de agua que simboliza su papel bautismal que está por venir. Al fondo, un grupo de jóvenes desnudos se sientan parecidos a un friso de figuras clásicas.
Ha habido muchas interpretaciones de esta obra de Miguel Ángel. Puede verse simplemente como la imagen de una familia amorosa y no cabe duda de que habría sido un aspecto importante de la pintura para Agnolo Doni y su joven esposa. Algunos consideran que las figuras desnudas que se encuentran detrás están influenciadas por las figuras clásicas de Laocoonte y sus hijos excavadas en Roma en 1506. Se podría considerar que estas figuras representan el mundo pagano. Entre estos jóvenes paganos y la salvación del cristianismo se encuentra sólo el sacramento del bautismo representado por la figura del joven San Juan Bautista que se muestra entre ellos y la Sagrada Familia.
